Мемлекеттік кірістер органдарының құқықтық актілеріне салықтық тексеруді тағайындалған кезінен бастап және салықтық тексерудің нәтижелері бойынша сотта қарау тәртібімен шағым жасалуы мүмкін.

Бұндай актілерге нұсқама, салықтық тексеру актісі және тексеру нәтижелері туралы хабарлама жатады.

Нұсқама тексерісті тағайындау актісі ретінде сотта дербес даулау нысанасы болып табылуы мүмкін. Бұл ретте соттар дауланып отырған нұсқаманың қолданылуын тоқтата тұру түріндегі талап қоюды қамтамасыз ету жөніндегі шараларды қабылдауға жол бермейтінін ескеру керек. Осылайша, нұсқаманы даулау ісі, салық тексерісінің жүргізілуін тоқтатпайды.   

Сонымен қатар мемлекеттік кірістер органының нұсқамасы сот тәртібімен оның қолданылуы тоқтатылғанға дейін, атап айтқанда тексеру актісін жасау жолымен салықтық тексеру аяқталғанға дейін ғана даулануы мүмкін екендігін салық төлеушілердің білгендері жөн.

Өз кезегінде салықтық тексеру актісіне егер салық төлеуші оның құқықтары мен міндеттеріне, оның ішінде болашақ салық кезеңдеріне де әсер ететін оның қорытындыларымен келіспесе шағым жасалуы мүмкін.

Салықтық тексеру нәтижелері бойынша шешім болып мемлекеттік кірістер органы шығарған салықтық тексеру нәтижелері туралы хабарлама болып табылады.

Салық төлеуші салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдердің, міндетті зейнетақы жарналарының, міндетті кәсіптік зейнетақы жарналарын есептеу, ұстау, аудару, әлеуметтік аударымдар, міндетті әлеуметтік медициналық сақтандыруға арналған аударымдар және (немесе) жарналар мен өсімпұлдарды есептеу және төлеу, залалдарды азайту, қосылған құн салығының асып кеткен сомаларын қайтарудың расталмауы бойынша міндеттемелердің есепке жазылған сомаларымен келіспеген жағдайда, сот тәртібімен шағым жасалуға хабарлама ғана жатады.

Жоғарыда аталған мемлекеттік кірістер органдарының актілеріне шағым жасау бойынша істер мамандандырылған ауданаралық экономикалық соттардың соттылығына жатады.

Сотқа арызбен жүгінуге арналған мерзім салық төлеушінің құқықтарының, бостандықтары мен заңды мүдделерiнiң бұзылғаны туралы өздерiне мәлiм болған күннен бастап үш ай құрайды.

Аталған сотқа арызбен жүгiну мерзімі: салықтық тексеру нәтижелері туралы хабарламаға тікелей сотта дау айтылған жағдайда - ол салық төлеушіге табыс етілген күннен бастап, ал уәкілетті орган – ҚР Қаржы министрлігіне алдын ала шағым жасалған жағдайда - салық төлеушіге осы органның шешімі туралы мәлім болған күннен бастап есептеледі.

Егер де уәкілетті органымен салық төлеушінің шағымын қарау нәтижелері бойынша жаңа хабарлама шығарылса, оған шағым жасау мерзімі сол хабарламаның табыс етілген күнінен бастап қайта есептеледі.

Мемлекеттік кірістер органдары лауазымды адамдарының әрекеттеріне (әрекетсіздігіне) шағым жасау кезінде көрсетілген мерзім салық төлеушіге оның заңмен қорғалатын құқықтары мен мүдделерінің бұзылғаны туралы не жоғары тұрған мемлекеттік кірістер органы оның шағымын толығымен немесе бір бөлігінде қанағаттандырусыз қалдырғаны жөнінде мәлім болған күннен бастап есептеледі.