Қазақстанның жаңа тарихындағы Елбасының Тәуелсіздікті алғаннан кейін қол қойған алғашқы құжатының бірі Президенттің 1991 жылғы 12 желтоқсандағы № 539 Қазақстан Республикасының Кеден органын құру туралы Жарлығы болды. Бұл күн тәуелсіз,  егеменді Қазақстанның кеден қызметінің құрылу күні болып саналады.

Кеден комитеті 154 бірлікпен құрылғаннан кейін, Комитеттің алғашқы бұйрықтарының  бірі 28.02.1992 ж. №5 кеден органдарын құру туралы бұйрық, оның ішінде 6 кеден (Целиноград, Қарағанды, Павлодар, Өскемен, Шымкент және Қорғас), 46 бірлігімен 12 кеден бекеттері құрылды.

1991 жылдан кеден органдары өзгерістердің бірнеше кезеңін, Кеден комитетінің Қаржы Министрлігіне бағыныштылығымен (1992 жылғы 12 қарашада), оның Қаржы Министрлігінің Бас кеден басқармасы болып қайта құрылуы ( 1993 жылы - 3150 бірлік, 1994 жылы - 6444 бірлік), 1995 жылғы сәуірде Министрлер Кабинетінде Кеден комитеті болып (5937 бірлік) құрылды, одан әрі 1995 жылғы қазанда Қазақстан Республикасының Кеден комитеті (3846 бірлік) болды, 1997 жылғы қаңтарда Қазақстан Республикасының Мемлекеттік кеден комитеті (3665 бірлік) болды. 1998 жылғы қазаннан Кеден комитеті Мемлекеттік кіріс Министрлігінің басқаруында  (7469 бірлік) болды. 2002 жылғы тамызда Үкімет құрамына кірмейтін дербес орындаушы орган болып- Қазақстан Республикасының кедендік бақылау Агенттігі (5832 бірлік) деп аталды. 

Еліміздің Тәуелсіздігі мен Кеден органының өркендеуіне өз үлесін қосқан Қазақстан кеден органдарының бір құрылымдық бөлімшесі, ол «Семей» кедені.

 Бұрынғы Семей облысының аумағында кедендік бақылау 1991 жылғы сәуірден Өскемен кеден бекетіне бағынышты Семей облыстық үәкіл тұлғаның басқаруымен өткізіле.

1992 жылғы шілдеде ҚР Кеден комитетінің № 147 бұйрығымен Павлодар кеденіне бағынышты, штаттық саны 3 бірліктен тұратын Семей кеден бекеті құрылды.

Семей облыстық үәкіл болып алғашқы Жұмағұлов Қадыролла Баяхметұлы тағайындалды, кейіннен ол Бақты кеденінің бастығы болды. ҚР Қаржы Министрлігінің 22.12.1992ж. №62 бұйрығымен Семей кеден бекеті, штаттық саны 50 бірлікті құрайтын Семей кедені болып құрылды.Қызмет аймағы болып Семей облысы анықталды.

13.01.1993 ж. №5 бұйрыққа сәйкес Өскемен кедені, қоластында Семей кедені бар,  ҚР қаржы Министрлігінің Бас кедендік басқармасының Шығыс аймақтық кедені болып құрылды.

1994 жылғы қаңтарда таможня Семей облысы бойынша Кеден басқармасы мәртебесін алды.

Шығыс қазақстан облысы құрылғаннан кейін және 12.05.1997 ж. №123-II «Семей облысы бойынша кеден басқармасын алып тастау туралы» бұйрығына сәйкес штаттық саны 160 бірлікті құрайтын «Семей» кедені болып – Мемлекеттік кеден комитетінің дербес құрылымдық бөлімшесі болып қайта құрылды

09.09.1998 ж. ҚР Кеден комитетінің № 171-II бұйрығына сәйкес     «Семей» кедені Шығыс қазақстан облысы бойынша Кеден басқармасының    тікелей бағынушылығында болады.

07.05.1999ж. ҚР Мемлекеттік кіріс министрлігінің Кеден комитетінің №133-II бұйрығымен «Семей» кедені жойылып, оның орнына «Семей» кеден бекеті құрылды.

24.06.2002  ж. ҚР Үкіметінің  № 688 Қаулысымен және ҚР МКМ КК 10.07.2002 ж. № 688 бұйрығымен «Семей» кедені ШҚО бойынша КБД тікелей бағынышты болып қайта құрылды.

Өткізілген әкімшілік реформалар шегінде және 28.08.2007 ж. № 747 Үкіметтің «ҚР ҚМ КБК кейбір мемлекеттік мекемелерді қайта құру туралы» Қаулысына сәйкес «Семей» кедені, ШҚО бойынша КБД құрылымдық бөлімшесі болып табылатын «Семей» кеден бекеті болып қайта құрылды.

2014 жылдың 14 тамызынан бастап «Семей»  кедені Шығыс Қазақчтан облысы бойынша мемлекеттік кірістер департаментінің құрылымдық бөлімшесі болып табылады. «Семей» кедені К.Мухамедханов көшесі 38 ғимаратында орналасқан. Штатты 17 қызметкер құрайды.Аумағына: Жезкент, Актағай, Аягөз стансасы, Жарма ауданы, Шар стансасы, Жаңғызтөбе стансасы, Бесқарағай ауданы, Бородулиха ауданы, Жезкент ауылана қарасты Неверовская стансасы, Белағаш стансасы және Семей қаласындағы халықаралық әуежай жатады.

2019 жылдың қаңтар-маусым аралығында  кеден бекеті 2 млрд 788 млн 394 мың теңге  кедендік төлемдер мен салықтар өндірді.

Әр жылдары «Семей» кеден бекетіне басшылық еткен: Жумагулов К.Б, Аймухаметов А.А., Тулешев М.А., Филлипов А., Игембаев А.К., Нысанбаев А., Бутин В.С, Бокишев К.М., Абжаппаров А.А., Иславин В.А., Бекбергенов А.К., Тулемисов Д.К., Сагитов Е.Е., Жумагулов Р.Т.

Өз кезегінде 1997 жылдан бастап еңбек жолын осы бекеттің аумағынан бастаған, іс жүзінде бекеттің тарихының басында тұрған және де 2019 жылдың маусым айынан бастап «Семей» кеден бекетін Саметеев Сабыржан Калибаевич басшы басқарып отыр.