В новейшей истории Казахстана одним из первых документов, изданных Главой государства после обретения им суверенитета, был Указ Президента страны № 539 от 12 декабря 1991 года об образовании Таможенного комитета Республики Казахстан. Этот день является днем создания таможенных служб независимого, суверенного Казахстана.

После образования Таможенного комитета со штатной численностью 154 единицы, одним из первых приказов Комитета был приказ №5 от 28 февраля 1992 года о создании таможенных органов, которым были учреждены 6 таможен (Целиноградская, Карагандинская, Павлодарская, Усть-Каменогорская, Чимкентская и Хоргосская) с 12 новыми таможенными постами со штатной численностью 46 единиц.

С 1991 года таможенные учреждения прошли несколько этапов реформирования путем переподчинения Таможенного комитета Министерству финансов (12 ноября 1992 года) путем его реорганизации в Главное таможенное управление Министерства финансов (в 1993 году - 3150 единиц, в 1994 году - 6444 единиц), затем в Таможенный комитет при Кабинете Министров в апреле 1995 года (5937 единиц), далее в Таможенный комитет Республики Казахстан в октябре 1995 года (3846 единиц), Государственный таможенный комитет Республики Казахстан в январе 1997 года (3665 единиц). С октября 1998 года Таможенный комитет работал под эгидой Министерства государственных доходов (7469 единиц). В августе 2002 года образован самостоятельный исполнительный орган, не входящий в состав Правительства - Агентство таможенного контроля Республики Казахстан (5832 единицы).

Одним из структурных подразделений казахстанской таможни, внесших свой вклад в становление государственной независимости и таможенной службы Республики Казахстан, является таможня «Семей».

На территории бывшей Семипалатинской области таможенный контроль начал осуществляться с апреля 1991 года в лице уполномоченного по Семипалатинской области с подчинением в Усть-Каменогорский таможенный пост.

В июле 1992 года Приказом Таможенного Комитета Республики Казахстан №147 был организован Семипалатинский таможенный пост со штатной численностью в 3 сотрудника с переподчинением Павлодарской таможне.

Первым уполномоченным по бывшей Семипалатинской области был назначен – Жумагулов Кадыролла Баяхметович, позже ставший начальником Бахтинского таможенного поста.

Приказом Министерства финансов Республики Казахстан от 22.12.1992 года №62 Семипалатинский таможенный пост преобразован в Семипалатинскую таможню со штатной численностью 50 единиц. Зоной деятельности определена территория Семипалатинской области.

Согласно приказу №5 от 13.01.1993 года Усть-Каменогорская таможня преобразована в Восточную региональную таможню Главного Таможенного Управления Министерства финансов Республики Казахстан с подчинением Семипалатинской таможни с зоной деятельности по территории Семипалатинской области.

В январе 1994 года таможня получила статус Таможенного управления по Семипалатинской области.

С образованием Восточно-Казахстанской области и согласно приказу Государственного Таможенного Комитета Республики Казахстан за №123-II от 12.05.1997 года «О ликвидации таможенного управления по Семипалатинской области…» Таможенное управление по Семипалатинской области упразднено, на базе него создана таможня «Семей» со штатной численностью 160 единиц – самостоятельное структурное подразделение Государственного таможенного комитета.

Согласно приказу Таможенного комитета РК за №171-II от 09.09.1998 года таможня «Семей» входит в оперативное подчинение Таможенному управлению по Восточно-Казахстанской области.

Приказом Таможенного комитета Министерства государственных доходов Республики Казахстан от 07.05.1999 года №133-II таможня «Семей» ликвидирована. На базе ликвидированной таможни «Семей» создан таможенный пост «Семей».

Постановлением Правительства Республики Казахстан № 688 от 24.06.2002 года и приказа ТК МГД РК №42 от 10.07.2002 года вновь создана таможня «Семей» с оперативным подчинением ДТК по ВКО, которому она подотчетна и подконтрольна.

В рамках проводимой административной реформы и в соответствии с Постановлением Правительства №747 от 28.08.2007 «О реорганизации некоторых государственных учреждений КТК МФ РК» таможня «Семей» реорганизована в таможенный пост «Семей», являющийся структурным подразделением Департамента таможенного контроля по Восточно-Казахстанской области.

С 14 августа 2014 года таможенный пост «Семей» является структурным подразделением Департамента государственных доходов по Восточно-Казахстанской области. Таможенный пост «Семей» дислоцирован в здании по адресу ул. Мухамедханова, 38. Штатная численность поста составляет 17 человек. Зона деятельности охватывает: п.Жезкент, месторождение «Актогай», г. Семей, ст. Семей, ст. Жана-Семей, г.Курчатов, ст.Дегелен, Аягузский район, ст. Аягоз, Жарминский район, ст.Шар, ст.Жангиз-Тобе, Бескарагайский район, Бородулихинский район, ст.Неверовская п.Жезкент, ст.Бель-Агаш, Международный аэропорт г. Семей.

За январь-июнь 2019 год таможенный пост обеспечил поступление таможенных платежей и налогов на сумму 2 млрд 788 млн. 394 тыс. тенге.

В разные периоды времени таможней в Семее руководили Жумагулов К.Б, Аймухаметов А.А., Тулешев М.А., Филлипов А., Игембаев А.К., Нысанбаев А., Бутин В.С, Бокишев К.М., Абжаппаров А.А., Иславин В.А., Бекбергенов А.К., Тулемисов Д.К., Сагитов Е.Е., дважды Жумагулов Р.Т. С июня 2019 года таможенный пост «Семей» возглавляет Саметеев Сабиржан Калибаевич, который с 1997 года осуществляет свою трудовую деятельность в зоне деятельности таможенного поста и практически стоит у истоков его истории