Салық заңнамасымен грант алушыларға – Қазақстан Республикасының грант беру туралы халықаралық шартына сәйкес бенефициар болып табылатын мемлекеттік органға және орындаушыларға – грантты іске асыру үшін грант алушы болып тағайындалған тұлғаға грант қаражаттары есебінен сатып алынған тауарлар, жұмыстар, қызмет көрсетулер бойынша төленген қосылған құн салығын (бұдан әрі – ҚҚС) қайтару қамтамасыз етілген. Грант алушылардың немесе орындаушылардың ҚҚС бойынша есепте тұруы міндетті емес.

Қазақстан Республикасының Салық Кодексінің 275-бабына сәйкес ҚҚС қайтару туралы салықтық өтініш берілген күннен бастап отыз жұмыс күні ішінде ҚҚС қайтарылады. Алайда ҚҚС қайтару үшін бір мезгілде белгілі бір шарттар сақталуы керек, олар:

- грант қаражаты есебінен тауарлар, жұмыстар, қызмет көрсетулер сатып алынған грант мемлекеттер, мемлекеттердің үкіметтері, халықаралық ұйымдар желісі бойынша берілсе;

- грант тек қана тауарларды, жұмыстарды, қызмет көрсетулерді өткізу үшін беріліп, олар сол мақсаттарда ғана сатып алынса;

- тауарларды өткізу, жұмыстарды орындау, қызмет көрсетулер грант алушымен не грант мақсаттарын жүзеге асыру үшін грант алушы тағайындаған орындаушымен жасалған шартқа (келісімшартқа) сәйкес жүзеге асырылса.

Сонымен қатар, ҚҚС қайтару туралы салықтық өтінішке қоса грант алушы немесе орындаушы орналасқан жері бойынша мемлекеттік кірістер органына келесі құжаттарды табыс етеді:

1)    Қазақстан Республикасы мен шет мемлекет, шет мемлекет үкіметі не Қазақстан Республикасының Үкіметі бекіткен тізбеге енгізілген халықаралық ұйым арасындағы грант беру туралы шарттың көшірмесін;

2)    грант алушы не орындаушы тауарларды, жұмыстарды, қызмет көрсетулерді ұсынушымен жасасқан шарттың (келісімшарттың) көшірмесін;

3)    ҚҚС қайтару туралы салықтық өтінішпен жүгінуі кезінде оның орындаушы ретінде тағайындалуын растайтын құжаттың көшірмесін;

4)    тауарлардың, жұмыстардың, қызмет көрсетулердің тиеп жөнелтілгенін және алынғанын растайтын құжаттарды;

5)    ҚҚС сомасын бөлек жазып көрсете отырып, ҚҚС төлеуші болып табылатын ұсынушы жазып берген шот-фактураны;

6)    жүкқұжатын, тауар-көлік жүкқұжатын;

7)    грант алушының немесе орындаушының материалдық жауапты адамының тауарды алғанын растайтын құжатты;

8)    белгіленген тәртіппен рәсімделген, грант алушы немесе орындаушы орындаған және қабылдаған тауарлардың, жұмыстар мен қызмет көрсетулердің актілерін;

9)    тауарларды, жұмыстарды, қызмет көрсетулерді алғаны үшін ақының төленгенін, оның ішінде ҚҚС төленгенін растайтын құжаттарды.