Салықтық тексерулер жүргізу тәртібі үш негізгі нормативтік-құқықтық актімен регламенттелген:

         - Салық кодексі (18-тарау)

         - Кәсіпкерлік кодексі

         - Әкімшілік рәсімдік-процестік кодекс (ӘРПК, 3-бөлім).

01.01.2023 жылдан бастап салықтық тексерулер келесі түрлерге бөлінеді:

1. Тәуекел дәрежесін бағалау негізінде мерзімді салықтық тексерулер (жоспарлы).

2. Жоспардан тыс салықтық тексерулер.

Мерзімді тексерулер салық есептілігін, уәкілетті органдардың мәліметтерін, сондай-ақ салық төлеушілердің қызметі бойынша ресми және ашық ақпарат көздерінен алынған мәліметтерді талдау нәтижелері бойынша тағайындалады. Тексерулердің осы түрін тағайындау үшін уәкілетті органның (ҚР ҚМ МКК) шешімімен бекітілген, тексерулер жүргізілетін жылдың алдындағы жылдың 25 желтоқсанына дейінгі және ағымдағы күнтізбелік жылдың 25 мамырына дейінгі мерзімде интернет-ресурста орналастырылатын жартыжылдық кесте негіз болып табылады. Тексерулердің жартыжылдық кестелеріне өзгерістер енгізуге жол берілмейді. Тексерудің осы түрі басталғанға дейін 30 күнтізбелік күн бұрын "Хабарлама" тапсырылады, осы мерзім өткеннен кейін салық төлеушіге тексеру жүргізуге "Нұсқама" қалыптастырылады және тапсырылады, ол Шығыс Қазақстан облысы бойынша ҚСжАЕКБ-де алдын ала тіркеледі.

Жоспардан тыс тексерулерге тексерулердің барлық басқа түрлері жатады, (Салық кодексінің 145-бабының 3-тармағы) мысалы:

- салық төлеушiнiң өзiнiң салықтық өтiнiшi немесе шағымы бойынша;

- қосылған құн салығының асып кетуі сомаларының анықтығын растау жөніндегі салықтық өтініші;

- Қазақстан Республикасының Қылмыстық-процестік кодексiнде көзделген негiздер бойынша;

- уәкілетті органның (ҚР ҚМ МКК) шешімі негізінде;

- салық төлеушi салық органдарының камералдық бақылау нәтижелерi бойынша анықталған тәуекел дәрежесі орташа бұзушылықтарды жою туралы хабарламасын орындамаған жағдайда және т. б.

Жоспардан тыс тексерулерді тағайындаудың ерекше тәртібі ҚР Әкімшілік рәсімдік-процестік кодексінде (ӘРПК) көзделген.  Тексеруге нұсқама тапсырылған сәтке дейін салық органдары салық төлеушіні 3 жұмыс күні бұрын хабардар етуге және ӘРПК шеңберінде тыңдау рәсімін жүргізуге тиіс.   Тыңдау нәтижелері бойынша "Хаттама" жасалады, онымен салық төлеуші танысады. Үш жұмыс күні ішінде салық төлеушіге өз ұстанымын жазбаша түрде білдіруге мүмкіндік берілді, анықталған бұзушылықпен келіскен жағдайда анықталған бұзушылықты жоя отырып, қосымша декларация беріледі. Бұзушылықты жою кезінде салықтық тексеру тағайындалмайды. Үш жұмыс күні өткеннен кейін жауап келіп түспеген жағдайда жоспардан тыс тексеруге нұсқама қалыптастырылады.

Мерзімді және жоспардан тыс салықтық тексерулер жүргізу тәртібі мен қағидалары бірыңғай болып табылады. Шығыс Қазақстан облысы бойынша ҚСжАЕАБ - да тіркелген нұсқама лауазымды адамға, ол болмаған жағдайда оны алмастыратын адамға тапсырылады. Нұсқама тапсырылғаннан кейін салық есептілігіне өзгерістер енгізуге жол берілмейді.  

Салықтық тексеру жүргізу кезінде инспектор Салық кодексінің оның құқықтары мен міндеттері көрсетілген 19-бабын басшылыққа алады.           

Тексеру нәтижелері бойынша "Тексеру актісі" жасалады, оған қол қойылады және салық төлеушіге тапсырылады. Тексеру актісі салық төлеушіге тапсырылған күн тексерудің аяқталуы болып саналады. Тексеру нәтижелері бойынша анықталған бұзушылықтар болған кезде тексеру актісіне "Тексеру нәтижелері туралы хабарлама" қоса беріледі, ол салық төлеушіге 5 жұмыс күні ішінде тапсырылады. Хабарлама салық төлеушінің қолымен және мөрімен, тексеру жүргізген салық инспекторының қолымен, салық органының лауазымды адамымен және салық органының мөрімен куәландырылады.                                                      

Егер тексеру нәтижелері бойынша 50 000 АЕК-тен (3450-50 000 = 172 500 000 теңге) асатын қосымша есептеу болжанса, онда тексеру аяқталған сәтке дейін "Алдын ала акт" жасалады. Салық төлеушінің салықтық тексерудің алдын ала актісі тапсырылған күннен бастап 15 жұмыс күні ішінде келу тәртібімен "Алдын ала актіге" жазбаша қарсылық беруге құқығы бар.