2014 жылдың 23-желтоқсанында Қырғызстан Еуразия экономикалық одаққа (одан ары - ЕАЭО) қосу туралы Шартқа қол қойылды.

2014 жылғы 29 мамырда Еуразия экономикалық одақ туралы Шартқа өзгерістер енгізу туралы Хаттама және 2014 жылғы 29 мамырдағы Еуразия экономикалық одағы туралы Шартқа Қырғыз Республикасының қосылуына байланысты Еуразия экономикалық одақ құқығына кіретін жеке халықаралық шарттар, сондай-ақ, 2014 жылғы 29 мамырда Еуразия экономикалық одақ туралы Шартқа Қырғыз Республикасы қолдану бойынша өтпелі ереже мен жағдайлар туралы Хаттама, Еуразия экономикалық одақ құқығына кіретін жеке халықаралық шарттар және Еуразия экономикалық одағы туралы Шартқа Қырғыз Республикасының қосылуына байланысты Еуразия экономикалық одақ органдарының актілеріне Қазақстан Республикасының Президенті Н.Ә. Назарбаев «Қырғыз Республикасын Еуразия экономикалық одақ туралы шартқа қосу туралы шартты ратификациялау туралы» Қазақстан Республикасының Заңына қол қойылды.

2015 жылдың 10-тамызында Қызғызстан ЕАЭО-ға қосылуы туралы Шарт күшіне енді. Сонымен қатар, Армения, Беларусь, Ресей және Қазақстан мен қатар Қырғызстан бесінші ЕАЭО толық құқықты мүшесі болды.

2015 жылдың 12-тамызында қазақстан-қырғыз шекарасы ашылды.

ЕАЭО туралы Шартты қолдану бойынша өтпелі ереже мен жағдайлар туралы Хаттамаға сәйкес Шарттың күшіне енген күніне Қырғыз Республикасы аумағынан ЕАЭО мүше мемлекеттерінің бірінің аумағына бұрын жеке пайдалануға әкелінген және халықаралық тасымалдауда қырғыздық көлік құралдары Еуропа экономикалық одағының тауарлары болып танылады.

Қырғыз Республикасына жіберілетін тауарларға қатысты және кеден одағының аумағы бойынша транзитке жатқызылғандар кедендік бақылау алынған сәтке дейін тағайындалған кеден органы болып Қазақстан Республикасы кеден бекеттері қалады. Тағайындалған қазақстандық органға келгеннен кейін кедендік транзит рәсімі қолданыстағы заңнамаға сәйкес аяқталады. Одан ары тауарларды тағайындалған Қырғыз Республикасында орналасқан кеден органына алып өтуде  Қазақстан Республикасы мемлекеттік кірістер органдары жаңа транзиттік декларация ресімдейді. Сонымен қатар, жаңа транзиттік декларацияны ресімдеу тауарларды жеткізуді қамтамасыз ету құралы енгізілуімен қолданыстағы заңнамаға сәйкес жүзеге асырылады.

Қырғыз Республикасының ЕАЭО-на қосылуы жанама салықты өндіруге де әсер етті.

Қырғыз Республикасымен өзара саудада жанама салықтар ЕАЭО туралы Шартқа сәйкес әкімшілілендіруге жатады және ҚР Салық Кодексіне сәйкес төленеді. Яғни, бір мүше мемлекет аумағынан басқа мүше мемлекет аумағына тауарлар импортында, оның аумағына тауарлар импортталғанда егер, одан басқа заңнамамен белгіленбесе, осы мүше мемлекеттің акциздік марканы таңбалауға жататын тауарларға қатысты, мүше мемлекеттің салық органдары жанама салықты өндіріп алады.

Осылайша, Кеден одағының аумағынан тауарларды өткізуде кедендік баждарды өндірмей жүзеге асырады және кедендік бақылау жүргізілмейді.