Мәмілелер мониторингі Қазақстан Республикасы Қаржы министрінің 2015 жылғы 16 наурыздағы №176 бұйрығымен бекітілген Мәмілелер мониторингін жүзеге асыру қағидалары негізінде жүргізіледі.

Мәмілелер мониторингін жүзеге асыру қағидалары "Трансферттік баға белгілеу туралы" Қазақстан Республикасының 2008 жылғы 5 шілдедегі Заңының 6 және 7-баптарына сәйкес әзірленген және мәмілеге қатысушының мәміле мониторингі бойынша есептілік нысандарын толтыруы мен оларды уәкілетті органдарға тапсыру тәртібін, сондай-ақ мәмілеге қатысушылардың, оның ішінде мәміле мониторингіне жатпайтын тауарлармен мәмілені жүзеге асыратындардың мәміле мониторингі бойынша құжаттама жүргізуінің тәртібін айқындайды.

Өз кезегінде, мәмілелер мониторингі Қазақстан Республикасының мемлекеттік кірістер органдарының мәмілелерге қатысушылар қолданатын бағаларға бақылау жүргізу жолымен және "Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы" 2017 жылғы 25 желтоқсандағы Қазақстан Республикасы Кодексінің 130-бабына сәйкес мониторингке жататын салық төлеушілерден алымы арқылы жүзеге асырылады.

Халықаралық іскерлік операциялары мәмілелер мониторингіне жататын тауарлар (жұмыстар, қызметтер) бойынша мәмілелерге қатысушылар "Тауарлар (жұмыстар, қызметтер) экспорты" бойынша және "Тауарлар (жұмыстар, қызметтер) импорты" бойынша мониторинг есебін  Қазақстан Республикасы Қаржы министрлігінің Мемлекеттік кірістер комитетіне есепті жылдан кейінгі жылдың 15 мамырынан кешіктірмей табыс етеді. Бұл ретте күнтізбелік бір жыл есепті кезең болып табылады.

Мәмілелер мониторингі бойынша толтырылған есептілік нысандары Ақпаратты компьютерлік өңдеуге жол беретін электрондық түрде - мемлекеттік кірістер органдарының салық есептілігін қабылдау және өңдеу жүйесі арқылы ұсынылатынын атап өткен жөн. Мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандары электрондық цифрлық қолтаңбамен куәландырылады. Мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандарын тапсыру үшін осы Қағидаларда белгіленген мерзімнің соңғы күнінің жиырма төрт сағатына дейін мемлекеттік кірістер комитетіне мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандарының электронды түрде табыс етілген күні болып табылады.                                                                                     

Мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандары электронды түрде табыс етілген кезде Мемлекеттік кірістер комитеті, мемлекеттік кірістер органдарының салық есептілігін қабылдау және өңдеу жүйесі қабылдаған кезден бастап екі жұмыс күнінен кешіктірмей мәмілеге қатысушыға көрсетілген жүйенің мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандарын қабылдағаны немесе қабылдамағаны туралы хабарлама жібереді.                                                                                                   

Мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандары, егер:

1) осы Қағидаларда белгіленген нысандарға сәйкес келмесе;                        

2) мемлекеттік кірістер органының коды көрсетілмесе немесе дұрыс көрсетілмесе;                                                                                                         

3) сәйкестендіру нөмірі көрсетілмесе немесе дұрыс көрсетілмесе; 

4) салық кезеңі көрсетілмесе;                                                              

5) электрондық цифрлық қолтаңбасы болмаса немесе дұрыс емес болса;                                                                                                       

6) осы Қағидалардың 10 және 11-тармақтарының елу бірінші бөлігінің талаптары бұзылса;                                                                                            

7) мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандарының электрондық формат құрылымы бұзылса, Мемлекеттік кірістер комитетіне табыс етілмеген деп есептеледі.

Сондай-ақ, мәмілелерге қатысушыларда есепті кезеңде халықаралық іскерлік операциялар болмағанда, мұндай мәмілелерге қатысушылар Мемлекеттік кірістер комитетіне табыс етпейді.                              

Мәмілелер мониторингі бойынша есептілік нысандарына өзгерістер және (немесе) толықтырулар енгізу осы өзгерістер мен толықтырулар жататын салық кезеңі үшін мәмілелер мониторингі бойынша қосымша есептілік нысандарын табыс ету жолымен жүргізіледі.