В целях эффективной реализации мероприятий, направленных на увеличение доходной части бюджета, усиления контроля за деятельностью структурных подразделений таможенных органов, а также осуществления таможенного контроля за деятельностью лиц, перемещающих товары и транспортные средства через таможенную границу Республики Казахстан и иных лиц, осуществляющих деятельность, контроль за которой возложен на таможенные органы Республики Казахстан, приказом Председателя Таможенного комитета Министерства государственных доходов Республики Казахстан №132 от 25 апреля 2000 года, в ТУ по Восточно-Казахстанской области был создан отдел таможенного инспектирования и пост-таможенного контроля.

Деятельность отдела регламентировалась всего одной статьей (ст.215) действовавшего Закона РК «О таможенном деле в Республики Казахстан». Проверки  внешнеэкономической деятельности  осуществлялись в соответствии с приказом Таможенного Комитета  Министерства государственных доходов Республики Казахстан от 15 февраля 2001 года №52 «О проверках», который содержал только организационный порядок проведения проверочных мероприятий (порядок оформления необходимых разрешительных документов к проверке, порядок ведения учетных документов по проверке, основные права и обязанности проверяющего и проверяемых).

На тот момент существовали объективные причины, затрудняющие деятельность подразделения пост-таможенного контроля, в том числе: отсутствие необходимой законодательной и методической базы по вопросам проведения пост-таможенного контроля, отсутствие квалифицированных кадров, слабая техническая оснащенность, отсутствие опыта работы.

Бремя становления легло тогда на плечи инициативных, целеустремленных сотрудников. Качество работы на тот момент оценивалось количеством проведенных проверок, а не суммой взысканных таможенных платежей.

Ситуация изменилась со вступлением в силу Таможенного Кодекса РК, в котором вопросам проведения пост-таможенного контроля посвящено три главы (14 статей). В целях реализации кодекса разработаны нормативные документы по вопросам проверок внешнеэкономической деятельности предприятий, документальных проверок, учету условно выпущенных товаров, порядка проведения пост-таможенного контроля.

С момента вступления в силу Таможенного кодекса улучшилась эффективность проверочных мероприятий. Влились новые кадры, имевшие опыт работы не только в таможенной службе, но и в области бухгалтерского учета и аудита.

В марте 2009 года отдел пост-таможенного контроля был преобразован в Управление.

Внедрение принципов управления рисками в процедурах основного таможенного оформления потребовало расширение функции пост-таможенного контроля. В новых условиях работы проведение пост-таможенного контроля становится одним из немногих механизмов, способных при ускорении и упрощении таможенного контроля на этапе оформления обеспечить достоверность декларирования путем проведения проверок после выпуска товаров. 

Акцент таможенного контроля смещен с этапа таможенного оформления на этап после выпуска товаров с целью использования результатов проводимых проверок для оценки потенциальных рисков и эффективности принятых форм при таможенном оформлении. Данное положение актуально и для упрощения таможенных процедур в связи с созданием Таможенного союза. В 2011 году в Управлении пост-таможенного контроля функционировал отдел проверок и отделение мониторинга и планирования, в составе которых несли службу 11 сотрудников.

В связи с вводом информационной системы «АСТАНА-1», а также перехода основного акцента с этапа таможенного оформления на этап после выпуска товаров, с 01.04.2018 г. штат Управления посттаможенного контроля увеличен и преобразован в Управление таможенного контроля после выпуска товаров, состоящее из двух отделов: отдел камеральных таможенных проверок и отдел выездных таможенных проверок.

В настоящее время Управление  таможенного контроля после выпуска товаров содействует реализации единой торговой политики Евразийского экономического союза, обеспечивает исполнение таможенного законодательства Евразийского экономического союза, таможенного законодательства Республики Казахстан и иного законодательства Республики Казахстан, контроль за исполнением которого возложен на   органы государственных доходов. Кроме того участвует в совершенствовании и внедрении эффективного механизма таможенного контроля на этапах таможенной очистки товаров и после выпуска товаров; создаёт условия для ускорения товарооборота через таможенную границу Таможенного союза создает условия, способствующие упрощению проведения таможенных операций в отношении товаров и транспортных средств, перемещаемых через таможенную границу Таможенного союза.