Бюджеттің кірістік бөлігін арттыруға, кеден органдарының құрылымдық бөлімшелерінің қызметін нығайтуға, сонымен қатар Қазақстан Республикасының кедендік шекарасы арқылы тауарларды, көлік құралдарын тасымалдайтын  тұлғалардың  және өзге тұлғалардың қызметіне кедендік бақылау жүргізуге  бағыттылған шараларды тиімді жүзеге асыру мақсатында Қазақстан Республикасы Мемлекеттік кірістер министрлігінің Кеден комитеті Төрағасының 2000 жылғы 25 сәуірдегі №132 бұйрығымен кедендік инспектірлеу және пост-кедендік бақылау бөлімі құрылды.

Бөлімінің қызметі «Қазақстан Республикасындағы кеден ісі туралы» ҚР Заңының (215 -бабы) бір ғана бабымен реттелді.  Сыртқы экономикалық қызметті тексеру  Қазақстан Республикасы Мемлекеттік кірістер министрлігінің Кеден комитетінің  2001 жылғы 15 ақпандағы «Тексерулер туралы» №52 бұрығымен іске асырылды. Бұл бұйрық бойынша тексеру шараларын жүргізудің ұйымдастырушылық тәртібі ғана реттелді (тексеріске қажетті рұқсат беруші тәртіп, тексеріс бойынша есепке алынатын құжаттардың тәртібі, тексеруші мен тексерілетін тұлғаның негізгі құқықтары мен міндеттері).

Бұл кезеңде пост-кедендік бақылаудың құрылымдық  бөлімшесінің қызметін қиындатқан көптеген себептер болды: пост-кедендік бақылауды жүргізіге қатысты әдістемелік және заңнамалық қордың жоқтығы, техникамен аз жабдықталу, жұмыс тәжірибесінің жоқтығы.  

Пост-кедендік саласының қалыптасуы  мақсатқа ұмтылған, бастамашыл қызметкерлерге жүктелді. Бұл кезеңде жұмыстың сапасы өндіріп алынған кедендік төлемдердің соммасымен емес, жүргізілген тексерістің санымен есептелінді.

Жағдай  пост-кедендік бақылауға үш бөлім (14 бап) арналған ҚР Кеден Кодексінің күшіне енуімен өзгерді. Кодексті жүзеге асыру мақсатында,  кәсіпорындардың сыртқы экономикалық қызметін тексеру, құжаттық тексеру, шартты шығарылған тауарларды есепке алу, пост-кедендік бақылауды жүргізу бойынша нормативтік құжаттар қалыптастырылды.

Кеден Кодексі күшіне енген күнен бастап тексеру шараларының тиімділігі арттырылды.  Кеден саласында, сонымен қатар бухгалтерлік есептілік саласында жұмыс тәжірибесі бар жаңа  кадрлар  жұмысқа орналасты.

2009 жылы наурыздан бастап пост-кедендік бақылау бөлімі Басқармаға ауыстырылды. 

Негізгі кедендік ресімдеу рәсімдерінде тәуекелдерді басқарудың жаңа қағидаларын енгізу пост-кедендік бақылау функцияларын кеңейтуді талап етті. Жұмыстың жаңа жағдайында пост-кедендік бақылауды жүзеге асыру тауарларды шығарғаннан кейін тексеруді жүргізу арқылы декларациялаудың дұрыстылығын қамтамасыз етуді ресімдеу деңгейінде кедендік бақылауды жеңілдету мен жылдамдатудың тетігі болды.

Кедендік ресімдеу барысында мүмкін болатын тәуекелді   бағалау және кедендік бақылаудың қабылданатын түрлерінің тиімділігі үшін жүргізілетін тексерулердің нәтижесін қолдану мақсатында тауарларды кедендік ресімдеу деңгейінен тауарларды кедендік шығарғаннан кейінгі  кедендік бақылауға басты назар аударылды. Бұл Кеден одағының құрылуына байланысты кедендік ресімдерді жеңілдетуде маңызды болды. 2011 жылы Пост-кедендік бақылау басқармасында  құрамында 11 қызметкері бар тексеру бөлімі мен мониторинг және жоспарлау бөлімшесі қызмет атқарды.

«АСТАНА-1» ақпараттық жүйесін енгізіп, негізгі назарды кедендік ресімдеу деңгейінен тауарларды кедендік шығарғаннан кейінгі деңгейіне көшуге байланысты, 01.04.2018 жылдан бастап Посткедендік бақылау басқармасының штаты  кеңейітіліп, камералдық кедендік тексеру бөлімі мен көшпелі кедендік тексеру бөлімінен тұратын Тауарларды шығарғаннан кейінгі кедендік бақылау басқармасы болып құрылды.

Қазіргі уақытта Тауарларды шығарғаннан кейінгі кедендік бақылау басқармасы Еуразиялық экономикалық одақтың бірыңғай сауда саясатын іске асыруға жәрдемдеседі, Одақтың кеден заңнамаларының, Қазақстан Республикасының кеден және өзге заңнамасының  орындалуын, сақталуын қамтамасыз етіп, Мемлекеттік кірістер органдарына орындауға жүктелген міндеттердің орындалуына бақылау жасайды. Сонымен қатар, кедендік ресімдеу мен тауарды шығарғаннан кейінгі сатыда кедендік бақылаудың тиімді механизімін енгізуге және жетілдіруге қатысады, Кеден Одағының кедендік шекарасынан тауар айналымын жеделдету үшін жағдай туғызады, Кеден Одағының кедендік шекарасы арқылы тасымалданатын тауарлар мен көлік құралына қатысты кедендік операцияларды оңтайландыруға көмектесетін жағдай жасайды.