Қазіргі уақытта мемлекеттік кірістер органдары салық төлеушілердің жекелеген санаттарының салық міндеттемелерінің орындалуын қашықтықтан бақылау шараларына көбірек көңіл бөлуде. Оның негізгісі ұсынылған салық есептілігін, уәкілетті мемлекеттік органдардың мәліметтерін, сондай-ақ салық төлеушінің қызметі туралы басқа да құжаттар мен мәліметтерді зерделеу және талдау негізінде салық органдары жүзеге асыратын камералдық бақылау болып табылады.

Негізгі өзгерістер камералдық бақылаудың өзіне де, оның нәтижелеріне де әсер етті.

Салық кодексінің 95-бабына толықтыру енгізілді, камералдық бақылау электрондық нысанда шот-фактуралар жазылғаннан кейін және (немесе) Салық кодексінде белгіленген осындай кезең үшін салық есептілігін табыс ету мерзімі өткеннен кейін тиісті салық кезеңі үшін жүргізіледі және Салық кодексінің 48-бабына сәйкес талап қою мерзімі ішінде жүзеге асырылады.

2023 жылғы 01 қаңтардан бастап тәуекел дәрежесі бойынша бұзушылықтарды градациялау енгізілді және камералдық бақылау нәтижелері бойынша хабарламаны орындау тәртібі қайта қаралды, оларға толығырақ тоқтала кететін болсақ.                                         

Камералдық бақылау нәтижелері бойынша бұзушылықтар анықталған жағдайда:                                                                                                         

-тәуекел дәрежесі жоғары бұзушылықтар бойынша – анықталған бұзушылықтардың сипаттамасы және олардың тәуекел дәрежесі қоса беріле отырып, камералдық бақылау нәтижелері бойынша салық органдары анықтаған бұзушылықтарды жою туралы хабарлама ресімделеді. 
Бұл ретте тауарларды өткізу, жұмыстар мен қызметтер көрсету бойынша нақты айналым жасауды белгілеу мақсатында электрондық нысанда шот-фактуралар жазып берілгеннен кейін жүргізілген камералдық бақылау нәтижелері бойынша анықталған бұзушылықтар тәуекел дәрежесі жоғары бұзушылықтар болып табылады; 
- тәуекел дәрежесі орташа бұзушылықтар бойынша – анықталған бұзушылықтардың сипаттамасы және олардың тәуекел дәрежесі қоса беріле отырып, камералдық бақылау нәтижелері бойынша салық органдары анықтаған бұзушылықтарды жою туралы хабарлама; 
- тәуекел дәрежесі төмен бұзушылықтар бойынша-анықталған бұзушылықтардың сипаттамасын және олардың тәуекел дәрежесін қоса беріле отырып, камералдық бақылау нәтижелері бойынша анықталған бұзушылықтар туралы хабарлама, олар салық төлеушіге мәлімет үшін жіберіледі.

Камералдық бақылау хабарламасын орындауды салық төлеуші оны тапсырған (алған) күннен кейінгі күннен бастап 30 жұмыс күні ішінде Қазақстан Республикасының салық заңнамасында белгіленген тәртіппен электрондық нысанда жазылған шот-фактураларды кері қайтарып алу, түзету немесе толықтыру жағдайымен толықтырады.

Хабарламада көрсетілген орташа тәуекел дәрежесі бар бұзушылықтармен келіспеген жағдайда - салық төлеушінің (салық агентінің) камералдық бақылау хабарламасын жіберген салық органына салықтық және (немесе) бухгалтерлік есеп (есеп) тіркелімдерінен үзінді көшірмелерді және (немесе) көрсетілген бұзушылықтарға жататын, салық есептілігіне енгізілген деректердің дұрыстығын растайтын құжаттарды қоса бере отырып, Салық кодексінің 96-бабының 3-тармағында көзделген жағдайларды қоспағанда, бұзушылықтардың жоқтығы туралы түсіндірмені қағаз немесе электрондық жеткізгіште табыс ету;

Хабарламада көрсетілген тәуекел дәрежесі жоғары бұзушылықтармен келіспеген жағдайда- камералдық бақылау хабарламасын жіберген салық органына салық төлеушінің (салық агентінің) бұзушылықтарда көрсетілген операцияларды (мәмілелерді) жүзеге асыру фактісін растайтын құжаттардың көшірмелерін қоса бере отырып, қағаз немесе электрондық жеткізгіште түсініктеме беру.

Салық төлеушімен түсініктеме беру арқылы хабарламаны орындау бөлігінде түсініктеме берген тұлғаның Салық кодексінің 96-бабы 2-тармағының екінші бөлігінің 2) және 3) тармақшаларында көрсетілген құжаттарды міндетті түрде қоса бере отырып, хабарламада көрсетілген бұзушылықтармен келіспеу мән-жайлары көрсетілетін тармақпен толықтырылды.

Банктік шоттар бойынша шығыс операцияларын тоқтата тұру жөніндегі шаралар хабарламаға жауап бермеген және/немесе тәуекелдерді басқару жүйесін талдау және қолдану үшін қажетті құжаттардың базалық тізбесін ұсынбаған салық төлеушілерге қатысты ғана қолданылатын болады.

Хабарламаларды бұзушылықтарды жоймай ресми түрде орындаған СТ-ға қатысты хабарламалар орындалды деп танылады, бұл ретте тәуекелдің белгілі бір дәрежесін беру болжанады және тиісінше олар бойынша салықтық тексеру жүргізуге ұсынылады. 

Тәуекел дәрежесі жоғары бұзушылықтар бойынша камералдық бақылау нәтижелері бойынша салық органдары анықтаған бұзушылықтарды жою туралы хабарламаны белгіленген мерзімде орындамау және (немесе) орындалмаған деп тану Салық кодексінің 120-1-бабына сәйкес электрондық шот-фактуралардың ақпараттық жүйесінде электрондық шот-фактуралардың жазылуын шектеуге әкеп соғады.

Осылайша, 2023 жылдан бастап салық төлеушілерге Салық кодексінде белгіленген мерзімдерде камералдық бақылау барысында салық органдары анықтаған бұзушылықтарды дербес жою қажет болады, бұл оларға қатысты шараларды (шоттар бойынша шығыс операцияларын тоқтата тұру және т.б.) қолдануды болдырмауға мүмкіндік береді. Бұзушылықпен келіспеген жағдайда, Салық кодексінің 96-бабының жаңа түзетулеріне сәйкес салық міндеттемесінің жоқтығын растайтын толық материалдарды ұсынуды қамтамасыз ету қажет.